Metoda dla cierpliwych. Tworzenie bonsai w ten sposób wymaga najwięcej czasu. Drzewko będzie nadawało się do pierwszego formowania najwcześniej po kilku latach.

Tylko najszybciej rosnące gatunki pozwolą na rozpoczęcie tworzenia bonsai w ciągu paru lat. Większość drzew  rośnie dość wolno, więc zadowalające efekty otrzymuje się po 6-10 latach (a w przypadku gatunków wolnorosnących nawet kilkudziesięciu). 

Rozmnażanie z nasion ma swoje zalety i wady. Zalety niewątpliwie dostrzegą bardziej wytrwali bonsaiści. Dla osób chcących osiągnąć szybkie efekty metoda ta ma więcej wad niż zalet. Wysiewamy zazwyczaj w dużych płaskich pojemnikach dużą ilość nasion. Pozwala to na uzyskanie większej ilości drzewek nadających się na bonsai. Trzeba pamiętać, że ten sposób uprawy nie daje gwarancji uzyskania z np. dziesięciu ziaren dziesięciu bonsai. Wysiewając nasiona nie mamy pewności, że rośliny które z nich powstaną będą nadawały się do prowadzenia jako bonsai, a w każdym razie nie ze wszystkich powstaną bonsai o budowie odpowiadającej naszym wyobrażeniom. Prawdopodobnie nie wszystkie też wykiełkują. Stąd  większa ilości nasion.

Skąd wziąć nasiona? 

Najlepiej wybrać się jesienią lub wczesną zimą do lasu i po prostu samemu je zebrać. Jeśli nie potrafimy jeszcze rozpoznawać gatunków drzew pomocny może okazać się  atlas drzew. Wypada wiedzieć co wyrośnie z nasionka, które zasadziliśmy. Nasiona muszą być świeże. Wysiew do skrzynki najlepiej przeprowadzić tuż po zebraniu nasion i zostawić ją na zewnątrz pozwalając działać czynnikom atmosferycznym. Jeśli będziemy siać wiosną, a nasiona chcemy przechować w domu musimy je stratyfikować czyli zapewnić im warunki zbliżone do tych na zewnątrz. Najlepiej na miesiące zimowe umieścić je w lodówce lub zamrażarce. Warunki te dotyczą roślin naszej strefy klimatycznej. Najlepszym jednak sposobem jest skorzystanie z naturalnych warunków atmosferycznych i pozostawic nasiona w wilgotnym piasku na zewnątrz (należy zabezpieczyć je przez ptakami, dla których zimą, dorodne nasiona mogą być łakomym kąskiem).

Podłoże przeznaczone do wysiewu nasion musi być przepuszczalne. Najlepiej zmieszać torf z perlitem w równych proporcjach, a po wysianiu przysypać nasiona cienką warstwą drobnego żwiru i dobrze podlać. Po tym zabiegu pozostaje tylko czekać na kiełkowanie. Należy przestrzegać terminu wysiewu, który dla rodzimych drzew przypada na początku lub końcu zimy.  

Pamiętajmy, że rośliny uzyskane z nasion muszą dojrzeć, aby mogły kwitnąć i owocować. Jest to ważne , w przypadku drzew które prowadzi się jako bonsai głównie ze względu na piękne kwiaty. Na przykład jabłonie potrzebują do tego około 15 lat. Takich problemów unikniemy, przy rozmnażaniu inną metodą.  

Kilka gatunków naszej strefy klimatycznej nadających się do rozmnażania przez nasiona: klon polny, brzoza brodawkowata, grab, kasztan, leszczyna, buk pospolity, jesion, miłorząb dwuklapowy, modrzew europejski, sosna pospolita i drobnokwiatowa, dąb, robinia akacjowa, jarząb pospolity.  

 Metoda dla umiarkowanie cierpliwych. Roślinę otrzymać można znacznie szybciej niż z nasion. Tylko w niewielkim stopniu można przewidzieć przyszły kształt drzewka.

Rozmnażanie przez sadzonki jest bardzo korzystną metodą. Jest łatwa, a materiał na sadzonki można łatwo zdobyć.  

Skąd wziąć sadzonki ? 

Przede wszystkim należy się zorientować czy gatunek, z którego chcemy pozyskać sadzonki nadaje się do rozmnażania tą metodą. Jeśli tak, mamy dwie możliwości. Do tego celu bowiem nadają się sadzonki zdrewniałe jak i zielne. Sadzonki zielne to tegoroczne miękkie pędy. Oba rodzaje można łatwo pozyskać z drzew rosnących na ogrodzie, w lesie czy przy drodze.  Jeśli posiadamy już drzewko bonsai możemy skorzystać z pędów odcinanych przy jego formowaniu. Najlepszą porą na cięcie sadzonek zielnych jest koniec wiosny, a zdrewniałych jesień i zima. Można jednak uzyskać zadowalające efekty także w innych terminach.  Wybieramy tylko zdrowo wyglądające sadzonki i przycinamy je tuż pod rozgałęzieniem. Wówczas szanse na zakorzenienie są większe. Przy sadzonkowaniu uzyskana roślina jest genetycznie identyczna jak roślina macierzysta, dlatego jeśli pozyskaliśmy sadzonkę z dojrzałego drzewa kwitnącego, nasza sadzonka zakwitnie już rok po zakorzenieniu.

Gdy mamy już sadzonki.

  Wybieramy niewysoki pojemnik i nasypujemy do niego podłoże składające się z torfu i perlitu w równych proporcjach. Z dolnych części sadzonek należy usunąć liście i pędy aby nie gniły w ziemi. Patykiem robimy otwór w ziemi i umieszczmy w nim sadzonki. Ważne jest porządne podlanie podłoża. Jeśli zamierzamy mieć kilka upraw dobrze jest je opisać (gatunek i data). Aby osiągnąć zamierzony rezultat należy zapewnić sadzonkom odpowiednio dużą wilgotność. Można to zrobić  nakrywając je szklanym pojemnikiem lub folią. Najlepiej gdy pojemnik ustawimy w szklarni lub pomieszczeniu o zbliżonych warunkach. Po roku sadzonki będą dobrze rozwinięte i gotowe do przesadzania do osobnych doniczek. Przy przesadzaniu, jeśli korzenie są bardzo długie można je przyciąć o 1/3 długości.

Szczególnie łatwym gatunkiem do rozmnażania przez sadzonki jest wierzba. Dość łatwo można zakorzenić nawet bardzo grube gałęzie.

 Metoda dla niecierpliwych.  W ten sposób można otrzymać okaz bonsai w dość krótkim czasie. Daje możliwość wybrania kształtu przyszłych konarów i pnia.

Rozmnażanie przez odkłady jest najszybszym sposobem na uzyskanie bonsai. Metoda ta polega na wybraniu gałęzi o odpowiednim kształcie na drzewie np. rosnącym na ogródku i spowodowaniu aby w wybranym miejscu wyrosły korzenie. Gdy korzenie już wyrosną należy odciąć gałąź która staje się nową rośliną.

Jak przygotować odkład ?

Na początku należy wybrać gałąź z której chcemy stworzyć nowe drzewko.  Pamiętajmy, że za rok fragment ten będzie już nowym drzewkiem, dlatego należy wybrać taki o odpowiednim układzie gałązek. Zastanówmy się, w którym miejscu ma zaczynać się pień przyszłego drzewka. Będzie to miejsce, poniżej którego w odpowiednim czasie utniemy gałąź. Jeśli układ gałązek przyszłego bonsai nie odpowiada dokładnie naszemu wyobrażeniu,  możemy go zmienić przez przycinanie, zanim rozpocznie się proces ukorzeniania.  Przygotowanie miejsca gdzie mają wyrosnąć korzenie polega na zdjęciu fragmentu kory za pomocą noża, na odcinku długości około dwóch średnic gałęzi. Na tak przygotowane miejsce nakładamy rozciętą wzdłuż boku i dna doniczkę i przy pomocy drutu  mocujemy ją na gałęzi. Dobrze jest gdy doniczka opiera się na bocznych gałązkach. Jeśli nie ma takiej możliwości możemy dodatkowo przymocować ją sznurkiem do wierzchołka gałęzi. Ostatnim krokiem jaki należy zrobić jest nasypanie do doniczki przepuszczalnego podłoża ( torf i perlit w równych proporcjach). Ziemia powinna być stale wilgotna. Ukorzenioną gałąź odcina się zazwyczaj po roku tuż pod doniczką co powoduje że nie jest konieczne przesadzanie. Oprócz opisanej powyżej metody zwanej odkładem powietrznym jest też druga - odkłady w gruncie. Polega ona na odgięciu wybranego pędu do ziemi i zagłębienie w niej jego fragmentu, co przy sprzyjających warunkach skutkuje zakorzenieniem zakopanego pędu.

W przypadku odkładów uzyskana roślina jest genetycznie identyczna z rośliną macierzystą. Należy wspomnieć, ze bez podstawowej wiedzy o budowie drzew, szanse powodzenia rozmnażania drzew tą metoda są znikome.